Βρίσκεται σε υψόμετρο 300 μ. και απέχει από το Ρέθυμνο 27 χλμ.
Στις ενετικές απογραφές και σε έγγραφα της περιόδου αναφέρεται ως "Μαγαρίτες". Αυτό είναι και το αρχικό όνομα τού χωριού και συνεπώς στο όνομα αυτό πρέπει να αναζητηθεί η ετυμολογία του.
Ο Στ. Ξανθουδίδης γράφει (Χάνδαξ - Ηράκλειον σ.28), ότι το όνομα τού χωριού αυτού όπως και πολλών άλλων (Γαβαλοχώρι - Αμάρι - Γερακάρι - Φουρφουράς κ.λπ.) οφείλονται σε οικογενειακά επώνυμα βυζαντινών οίκων που μετοίκησαν στην περιοχή.
Όμως η ετυμολογία του ονόματος του οικισμού πρέπει να αναζητηθεί στο αρχικό του όνομα Μαγαρίτες, που αναφέρεται αιώνες πριν την οριστικοποίηση του χωριού ως Μαργαρίτες.
Στο «Μέγα Λεξικόν της Ελληνικής Γλώσσης» του Δημητράκου αναφέρεται η μεσαιωνική λέξη μαγαρίτης, που σημαίνει αρνησίθρησκος, αποστάτης (χρησιμοποιείται και ως υβριστική αντί του μακαρίτης), που δεν αποκλείεται να έχει σχέση με την ίδρυση του χωριού, από τον πρώτο οικιστή μαγαρίτη(αλλόθρησκο).
Όμως, στο «Μέγα Λεξικόν της Ελληνική Γλώσσης» των Liddel-Scott αναφέρεται η λέξη «μαγαρικός» εκ του «μεγαρικός κέραμος»:ούτω δε τους Μεγαρικούς κεράμους δια του ε χρη λέγειν ου δια του α, ως οι έμποροι την άρχουσαν παραφθείροντες. Τα μαγαρικά συνεχίζουν να έχουν σχέση με τα κεραμικά και επί Βυζαντίου, από όπου και προέρχεται η ονομασία του χωριού. Οι Βυζαντινοί έλεγαν μαγαρικάτα, πήλινα υδροδοχεία, σταμνιά, κύπελλα, πιάτα κ.λπ.,(Βλ. Φαίδ. Κουκουλέ, Βυζαντινών Βίος και Πολιτισμός, τόμ. B', σ. 104). Στο Λεξικό των Liddel-Scott αναφέρεται επίσης ότι «μάγαρον» σημαίνει και «μέγαρον».
Η αγγειοπλαστική έχει παράδοση στις Μαργαρίτες, όπως και στο Θραψανό της επαρχίας Πεδιάδος του νομού Ηρακλείου. Μάλιστα οι κάτοικοι εξακολουθούν και σήμερα να εργάζονται σε απομιμήσεις αρχαίων μινωϊκών αγγείων, για τουριστική κατανάλωση.
Οι αγγειοπλάστες των μαγαρικών αγγείων αποκαλούνταν «μαγαρικοί» και κατά παραφθορά προκύπτει το «Μαγαρίτες» όπως συμβαίνει άλλωστε με πολλές ονομασίες. Αυτοί θα ήταν οι πρώτοι οικιστές του χωριού κατά την Βυζαντινή περίοδο. Που σημαίνει ότι η επαγγελματική ταυτότητα των πρώτων οικιστών έδωσε και το όνομα στην περιοχή.
Η Δήμητρα Ποθουλάκη, (της οικογένειας του στρατηγού Ποθουλάκη), ασχολήθηκε επίσης με την ετυμολογία τού ονόματος. Σημείωσε ότι μια βασίλισσα της αρχαίας Ελεύθερνας με το όνομα Μαργαρίτα(!) γοητεύτηκε από την ομορφιά του τοπίου, ώστε προσέφερε όλα τα κοσμήματά της, για να οικοδομηθεί χωριό στην περιοχή και προς τιμήν της να ονομαστεί Μαργαρίτες! («Κρητική Εστία», τεύχ. 8). Τέτοια εκδοχή είναι παντελώς αναληθής και αβάσιμη. Εξάλλου πολλές ονομασίες τόπων κατά περιόδους ερμηνεύθηκαν με τον πλέον «εύκολο» τρόπο, λόγω ελλείψεως ιστορικών και αρχαιολογικών πηγών.
Ιστορικές αναφορές: στην επαρχία Μυλοποτάμου αναφέρεται το 1577 από το Fr. Barozzi, (f°28r) Magarites και από τον Καστροφύλακα (KI73) Magarites με 460 κάτ. το 1583, και με 1043 οφειλόμενες αγγαρείες(K183).
Από το Βασιλικάτα (Μνημεία Κρητ. Ιστ. V, σ. 131) αναφέρεται Magharites το 1630.
Το 1671, στην τούρκικη απογραφή, αναφέρεται ως πρωτεύουσα της επαρχίας Nefs Melopotamo (κυρίως Μυλοπόταμος) με 24 οφειλόμενα χαράτσια. (Ν. Σταυρινίδη, Μεταφράσεις B', σ.129).
Στην απογραφή του 1881, ο Ν. Σταυράκης, παρά του ότι διακρίνεται για τις ιστορικές του γνώσεις, χωρίς να έχει υπόψιν του τα ενετικά έγγραφα και τις απογραφές το καταγράφει για πρώτη φορά ως Μαργαρίτες με 741 Χριστιανούς κατοίκους και έδρα ομώνυμου δήμου.
To 1900 ο δήμος μετονομάστηκε Ελευθερναίων, με πρωτεύουσα τις Μαγαρίτες, κάτ. 986.
Τo 1920 γράφεται Μαργαρίταις με 715 κάτ. έδρα ομώνυμης κοινότητας.
To 1928 Μαργαρίτες με 693 κάτ.,
το 1940 Μαργαρίται με 719,
το 1951 με 669,
το 1961 με 604,
το 1971 με 415 και
το 1981 κάτ. 365.
Τo 1890 γράφει ο Εμμ. Λαμπρινάκης, (Γεωγραφία τής Κρήτης, σ.96), ότι είναι "κώμη μεγάλη επί λαμπράς τοποθεσίας, όθεν και το όνομα Μαργαρίται
Μαγαρίτες αναφέρεται το χωριό και όλη την περίοδο της Τουρκοκρατίας. (Βλ. «Κρητικά Χρονικά», A'σ. 111). Μαγαρίτες και τους κατοίκους Μαγαριτσανούς αναφέρει στο ημερολόγιο του το 1831-1845 ο Κωνστ. Κοζύρης (Βλ. σ.342 τού ίδιου τόμου των Κρητικών Χρονικών).
Επί Ενετοκρατίας στo χωριό υπήρχαν πολλές και μεγάλες κατοικίες Ενετών αρχόντων (με ωραία θυρώματα και περίτεχνη για την περιοχή αρχιτεκτονική), ερειπωμένες σήμερα, αναφέρει ο Gerola Monumenti Veneti ecc. vol. IIIp.282(1900). Ένα από τα μέγαρα ανήκε στην οικογένεια Dandolo, όπως δείχνουν τα γράμματα Ζ D σχετικής επιγραφής. Αλλά και η εκκλησία του Αγ. Δημητρίου, που βρισκόταν κοντά στο μέγαρο και ήταν ιδιόκτητη της οικογένειας των Ντάντολο, πιστοποιεί το γεγονός. Σε επιγραφή της εκκλησίας αναφέρεται, ότι ανιστορήθη με έξοδα του άρχοντα Τζανάκη Ντάντολο και του παπά Γεώργη Καλωσυνά. Σε υπέρθυρο πόρτας του μεγάρου είναι σκαλισμένη η επιγραφή; Tempore felici multi nominantur amici - Dum fortuna perit nuUusamihuserìt. 5 Magio 1634 : Των ευτυχούντων πάντες φίλοι, των δυστυχούντων ουδείς. Παράφραση δίστιχου του Οβιδίου. (Βλ. G. Gerola, Monumenti Veneti ecc., vol. IV, p.373).
Στις Μαργαρίτες υπήρχε πλήθος εκκλησιών. Όπως η ετοιμόρροπη του Αγ. Γεωργίου (Gerola - Λασιθιωτάκη, Τοπογραφικός Κατάλογος τοιχογραφημένων εκκλησιών, σ.54, 110) και η εκ κλησία του Αγ. Ιωάννου του Ευαγγελιστή, του 1383, τοιχογραφημένη. Αφιερωτής ο παπά Γεώργιος Κλάδος. (Βλ. G. Gerola, Monumenti ecc. vol. II, p.334 και πίν. 11, όπου η έγχρωμη εικόνα του αφιερωτή Κλάδου και τόμ. IV, σ.481). Σύμφωνα με τοπική παράδοση όταν κτίστηκε η εκκλησία του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, τα αρχοντόπουλα Καλλέργης και Βαρούχας, που κατοικούσαν στο χωριό, πήγαν στην Κων/πολη και έφεραν μια υφαντή θύρα για την Ωραία Πύλη της εκκλησίας. Στη θύρα αυτή είχαν κεντηθεί υπόλευκες μαργαρίτες και κρίνα. Από αυτή τη θύρα οι ξομπλιάστρες του χωριού έκαναν τα περίφημα Μαργαριτσιανά υφαντά που είναι περιζήτητα. Το υφαντό μοτίβο της μαργαρίτας πάντως, δεν έχει καμία σχέση με την ονομασία του χωριού, μια και το όνομα προηγείται χρονικά.
Η Παναγία η Περδικιώτισσα. Σύμφωνα με τοπική παράδοση, στη θέση της σημερινής εκκλησίας υπήρχε βάτος. Όταν κάτοικοι της περιοχής θέλησαν να τον κάψουν για να ανοίξουν πέρασμα, άκουσαν μια πέρδικα να κακαρίζει μέσα στο βάτο. Έψαξαν να βρουν τη φωλιά και βρήκαν ένα εικόνισμα της Παναγίας. Γι 'αυτό έχτισαν εκεί εκκλησία που ονομάστηκε «Παναγία η Περδικιώτισσα».
Στα περίχωρα του χωριού βρίσκονταν μετόχι της μονής Καρακάλλου του Άθω. Στο υπέρθυρο της πόρτας βρίσκονταν επιγραφή:
Ναός η Μεταμόρφωσις τού Ιησού
Χριστού Παντοκράτορος ημών Θεού
Μονής Καρακάλλου του Αγίου Όρους
κτήμα υπάρχον από αρχαίων χρόνων.
(Βλ. G. Gerola, Monumenti Veneti, τόμ. III, σ.176).
Στην επανάσταση του 1332, το χωριό ήταν έδρα των επανα στατών. Όταν οι Ενετοί αιχμαλώτισαν τους αρχηγούς Βάρδα Καλέργη και Πρικοσυρίδη τους αποκεφάλισαν, κατέλαβαν το χωριό και αφού έσφαξαν όλους τους κατοίκους το έκαψαν. (Βλ. Σ. Ξανθουδίδη, Η Ενετοκρατία εν Κρήτη κ.λπ. σ.74).
Σύμφωνα με ενετικές πηγές (cittadini originali di Rettimo), από τις Μαργαρίτες κατάγονταν η πλούσια οικογένεια Μηλιώτη (Βλ. M. I. Μανούσακα, Η παρά Τριβάν απο γραφή, «Κρητικά Χρονικά», Γ', σ.41, 56). Από την οικογένεια αυτή προέρχονταν ο Ανδρέας Μηλιώτης, ο «Πρώτος Γραμματικός της Πόρτας», τα πρώτα χρόνια της Τουρκοκρατίας. Οι Τούρκοι αργότερα τον κρέμασαν σε μιά ελιά, στη θέση Πλάκα, του χωριού. (Βλ. Ν. Σταυρινίδη, Ανδρέας Μηλιώτης, πρώτος γραμματικός τής Πόρτας εν Κρήτη, «Κρητικά Χρονικά» B', σ.546 εξ).
Τo 1830 υπήρξε έδρα του Κρητικού Συμβουλίου. To Νοέμβριου του έτους αυτού συγκεντρώθηκαν στις Μαργαρίτες οι πληρεξούσιοι της Κρήτης γιά την τελευταία συνεδρίαση, Συστήθηκε επιτροπή γιά την απελευθέρωση της Κρήτης και εξέδωσε διαμαρτυρία προς όλο τον κόσμο, για την παραχώρηση της Κρήτης στον τουρκοαιγύπτιο Μεχμέτ Αλή.
Στην επανάσταση του 1867 σε περιοχή του χωριού απέκρουσε, ο στρατηγός Κορωναίος τον Ρεσίτ πασά.
Ο ηγούμενος του Αρκαδίου Γαβριήλ Μαρινάκης καταγόταν από τις Μαργαρίτες. Προς τιμήν του έχει στηθεί στην πλατεία του χωριού, χάλκινο άγαλμα.
Oι Mαργαρίτες αναμφισβήτητα αποτελούν το σπουδαιότερο αγγειοπλαστικό κέντρο της Δυτικής Kρήτης. Στην περιοχή υπάρχει πληθώρα κοιτασμάτων αργιλοχώματος, γεγονός που εξηγεί ως ένα βαθμό τη μακραίωνη ενασχόληση των κατοίκων με την τέχνη του πηλού. H πρώτη αναφορά για την ενασχόληση των Mαργαριτσανών με την κεραμική προέρχεται από τον αμερικανό περιηγητή Richard Pococke, ο οποίος ταξίδεψε στην Kεντρική και τη Δυτική Kρήτη, το 1739. Eίναι, ωστόσο, πολύ πιθανό οι Mαργαρίτες να ξεκίνησαν ως οικισμός αγγειοπλαστών ήδη από την ίδρυσή τους.