Το 16ο αιώνα οι Βενετοί έδωσαν στην πόλη το σημερινό της όνομα, που το πήραν από το Παρεκκλήσι του Αγίου Νικολάου που βρίσκεται στη χερσόνησο του Λιμένα. Η μικρή αυτή βυζαντινή εκκλησία περιέχει σπάνιες τοιχογραφίες από τον 8ο, το 10ο και τον 11ο αιώνα. Η εκκλησία αυτή θεωρείται ότι αποτελεί σπάνιο δείγμα βυζαντινής εκκλησίας που χτίστηκε την ταραγμένη περίοδο του όγδοου αιώνα, όταν οι Άραβες πίεζαν τη Βυζαντινή Αυτοκρατορία. Η εκκλησία βρίσκεται στα όρια του ξενοδοχείου Μίνως Παλλάς, που βρίσκεται στον κόλπο του Αγίου Νικολάου και στη βόρεια πλευρά της πόλης, προς την Ελούντα.
Ο ναός του Αγίου Νικολάου απέχει 2 χιλιόμετρα από την πόλη του Αγίου Νικολάου και είναι χτισμένος στο μικρό όρμο του Καθολικού, στη χερσόνησο που σήμερα λέγεται "Μπουρούνι". Στην τοποθεσία αυτή, που είναι ασφαλής και προφυλαγμένη, προσάραζαν τα πλοία από τη βυζαντινή και βενετσιάνικη εποχή. Ο όρμος αποτελούσε το κύριο λιμάνι της περιοχής για αρκετούς αιώνες. Στους βενετσιάνικους χάρτες σημειώνεται ως ''Porto di San Nicolo'', δηλαδή Λιμάνι του Αγίου Νικολάου. Η θέση, λοιπόν, είχε μεγάλη σημασία ως λιμάνι.
http://www.crete.tournet.gr