Με την ίδρυση της ενάτης Μητροπόλεως -στις 20/1/2001- της Εκκλησίας της Κρήτης, (υπ'αριθμό 1047/2000 Πατριαρχικό και Συνοδικό τόμο), η Ιερά Μονή Καλλέργη ανήκει διοικητικά στη Νέα Μητρόπολη Αρκαλοχωρίου, Καστελλίου και Βιάνου.
Η Μονή Καλέργη είναι αφιερωμένη στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο. Βρίσκεται νοτιοανατολικά του χωριού Σμαρίου και νοτίως της κορυφής των Βουκολιών, σε απόσταση δύο χιλιομέτρων από το Καστέλλι.
Κτίστηκε πριν από μια εκατονταετία. Όπως αναφέρει ο Μενέλαος Παρλαμάς το 1949 το μέρος ήταν κατάλληλο για την ίδρυση μονής. Στην κορυφή των Βουκολιών όπου βρίσκεται η εκκλησία του Προφήτη Ηλία, σώζονται ερείπια παλαιών κελιών, που προδίδουν την ύπαρξη μονής, όπου διέμενε ο «μέγας διδάσκαλος Ιωσήφ Βρυένιος» όταν ήλθε στην Κρήτη τα τέλη του 14ου αιώνα.
Το μοναστήρι ανήκε στην ιερά μονή Βιδιανής, του Οροπεδίου Λασιθίου και αγοράστηκε από τον Ηγούμενο Μεθόδιο Περάκη το 1879. Η μονή ανακαινίστηκε το 1912, από τον αρχιμανδρίτη Νικηφόρο Βεληβασάκη και τη μοναχή Ευλαμπία Δολαψάκη, σύμφωνα με επιγραφή που υπάρχει στο Κωδωνοστάσιο, διατηρώντας αρχιτεκτονικά στοιχεία παλαιότερων εποχών. Πάντως κατά την προφορική παράδοση υπήρχαν και παλαιότερα μοναχοί στο μοναστήρι, το οποίο κατά τον Ι. Μ. Καραβαλάκη χτίστηκε στα ερείπια παλαιότερης μονής.
Μετά τον θάνατο των ανακαινιστών της, το 1938, η μονή εγκαταλείφθηκε για 50 περίπου χρόνια. Ξαναλειτούργησε το 1988 με την έλευση του Αρχιμανδρίτου Ιεροθέου Αλεξάκη. Σήμερα η μονή ανακαινίζεται με τη βοήθεια του Συλλόγου «Φίλοι της Μονής Καλλέργη». Το κεντρικό κτήριο έχει επισκευαστεί.Το θολωτό τμήμα της ΝΔ πλευράς έχει μετατραπεί σε τράπεζα.
Υπάρχει και ένα παρεκκλήσι, που είναι αφιερωμένο στους Κρήτες Νεομάρτυρες (οι οποίοι μαρτύρησαν επί Τουρκοκρατίας) και εξυπηρετεί στις νυχτερινές ακολουθίες. Η νεότερη εκκλησία είναι κτισμένη έξω από τον περίβολο της μονής και είναι αφιερωμένη στον Αγ. Γεώργιο και στον Αγ. Σπυρίδωνα.
