Πρόκειται για την ιστορική δίκλιτη εκκλησία, που βρίσκεται στο πάνω τμήμα του χωριού. Τιμάται στο όνομα του Αγίου Χαραλάμπου και στην Μεταμόρφωση του Σωτήρα. Ο χρόνος ανέγερσης του αρχικού κλίτους, τοποθετείται στα όψιμα χρόνια της βενετοκρατίας. Η ιστορημένη αυτή μαρτυρία, προκύπτει από αίτηση του Μητροπολίτη Κρήτης Γεράσιμου προς τον Τούρκο πασά. Με την αίτηση αυτή που υποβάλλεται στις 15 Μαρτίου 1745, "ζητάται η έγκριση για επιδιόρθωση της εκκλησίας (Χριστός τότε) λόγω της φθοράς που έχει υποστεί από την πολυκαιρία".
Σε έγγραφο του 1635 αναφέρεται ως εκκλησία του ''Αφέντη Χριστού''.
Πίσω στα 1815, 6 χρόνια πριν την Επανάσταση, όταν οι κάτοικοι του τουρκοκρατούμενου Κρουσώνα ζήτησαν και πήραν άδεια να επισκευάσουν την εκκλησία του Ιησού Χριστού τότε, που μετονομάστηκε αργότερα Άγιος Χαράλαμπος. Αυτό έγινε με την άδεια του Τούρκου Διοικητή της περιφέρειας Χαλή αγά, με ορισμένες προϋποθέσεις. Απ'ότι μας λέει η τοπική παράδοση το έργο έπρεπε αρχίζοντας να τελειώσει στην διάρκεια τριών φεγγαριών. Η μη τυχών ολοκλήρωσή του έργου στο χρονικό αυτό διάστημα ή μη παραβίαση του χρόνου, θα είχε ως συνέπεια την μετατροπή του σε τζαμί. Ο χρόνος όμως αυτός ήταν ανεπαρκής και δεν επέτρεπε την τοιχοποιία στο επιθυμητό ύψος. Αναγκαστικά λοιπόν περιορίστηκε σε χαμηλό ύψος όπως διαπιστώνουμε και σήμερα. Μαζί με την ανακαίνιση της εκκλησίας παρήγγειλαν και νέες εικόνες στο Μεγάλο Κάστρο (σημερινό Ηράκλειο) δίνοντας για συντήρηση τις παλιές. Όταν μετά από λίγο καιρό έφθασαν οι καινούριες εικόνες, οι Κρουσανιώτες θέλησαν να τις περιφέρουν με λιτανεία μέσα στο χωριό. Όταν πέρναγαν όμως από την τούρκικη γειτονιά του χωριού, οι Τούρκοι εξαγριώθηκαν και επιτέθηκαν εναντίον τους. Μόνο ένας Τούρκος προσπάθησε να κατευνάσει τα πνεύματα λέγοντάς τους να μην τους πειράξουν μα δεν τα κατάφερε. Ένας Τούρκος μάλιστα ύψωσε απειλητικά το γιαταγάνι του πάνω από την εικόνα του Αγίου Χαραλάμπους. Πριν προλάβει όμως να το κατεβάσει, λέει η παράδοση πως έπεσε νεκρός. Όταν είδαν αυτό το θαύμα οι Τούρκοι σκόρπισαν έντρομοι, ενώ οι Έλληνες δοξολογούσαν τον προστάτη Άγιο. Όταν αργότερα, στα 1817, η φοβερή πανούκλα θερίζει την Κρήτη, στον Κρουσώνα πεθαίνουν όλοι οι Τούρκοι εκτός από αυτόν που στη λιτανεία είχε υπερασπιστεί τους χριστιανούς.
Μάλιστα και σε άλλες εμφανίσεις της αρρώστιας κανένας Κρουσανιώτης δεν έπαθε τίποτα. Με όλα αυτά τα γεγονότα, ο Άγιος Χαράλαμπος πέρασε στη συνείδηση του κόσμου ως τουρκομάχος και προστάτης των χριστιανών. Για το λόγο αυτό το ένα κλίτος της εκκλησίας του Ιησού Χριστού αφιερώθηκε στον Άγιο Χαράλαμπο ο οποίος μάλιστα απεικονίστηκε στα εικονίσματα να ποδοπατεί μία μαυροφόρα γυναίκα, προσωποποίηση της φοβερής πανούκλας.
Πέρα από αυτό το περιστατικό, η εκκλησία αναδεικνύεται και σε εθνικό και ιστορικό μνημείο γιατί φωτίζει μια πτυχή του τούρκικου δεσποτισμού. Έτσι θα μετατραπεί από οίκος προσευχής σε χώρο μαρτυρίου για τους τουρκαλβανούς που επιχείρησαν να ζώσουν τον Κρουσώνα να συλλάβουν τους επαναστάτες, να σκοτώσουν και να λαφυραγωγήσουν κατά την συνηθισμένη τακτική τους.
“Από την πάντα του Αγίου Χαραλάμπου ν’ ανοίξομε που δε θέλει τσι Τούρκους”.
Με αυτήν την πρόταση, γεμάτη πάθος, ζωντάνια αλλά και λύπη, ξεκίνησε το ολοκαύτωμα του Αγίου Χαραλάμπου!!
Στις 18 λοιπόν Ιουλίου 1822, ένα τμήμα του στρατού του Σερίφ Πασά που το αποτελούσαν 370 άνδρες άριστα εκπαιδευόμενοι, εισβάλλει στον Κρουσώνα, πέφτοντας σε παγίδα που τους είχαν στήσει οι Κρουσανιώτες και Ανωγειανοί επαναστάτες. Μετά την σφοδρή ολοήμερη μάχη τα σοκάκια και τα περάσματα του χωριού, η δύναμη αυτή των τουρκαλβανών αναζητώντας σανίδα σωτηρίας προκειμένου να αποφύγει την πανωλεθρία, καταφεύγει στην εκκλησία του Αγ. Χαραλάμπου. Με την λανθασμένη εντύπωση που δημιούργησε η πυκνότητα των πυροβολισμών και η υποτιθέμενη θριαμβευτική πορεία των τουρκαλβανών, ο Σερίφ Πασάς απέφυγε να στείλει ενισχύσεις, ενώ η δυναμή του είναι εγκλωβισμένη στην εκκλησία. Η ιερότητα του χώρου και ο νεαρός κρουσανιώτης (γιος του δημογέροντα Κριτσωτάκη) που έχουν συλλάβει ως όμηρο οι αντίπαλοι, προβληματίζει τους επαναστάτες. Ο χρόνος όμως δράσης τους ήταν περιορισμένος. Αλλά η συγκατάθεση του πατέρα του παιδιού (Δημογέροντας Κριτσωτάκης), που με τον αβάστακτο πόνο του μπροστά στην τραγική πραγματικότητα αποφασίζει και λέει με πόνο στην καρδιά ''αποθανέτω η ψυχή του μετά των αλλοφύλων'' δίνει διέξοδο στους επαναστάτες.
Πολλοί Κρουσανιώτες λοιπόν, ανοίγουν τρύπα στην οροφή της εκκλησίας, απ'άπου ρίχνουν εύφλεκτες ύλες, πανιά με λάδι και άλλα συναφή υλικά. Οι φλόγες και η αποπνικτική ατμόσφαιρα που δημιούργησε ο καπνός, ανάγκασε τους αιχμαλωτισμένους να ανοίξουν την πόρτα και να ξεχυθούν έξω. Τους περίμεναν όμως τα εύστοχα πυρά των πολεμιστών και τους αποδεκάτισαν. Οι άλλοι είχαν βρει τραγικό θάνατο μέσα στο χώρο της εκκλησίας, από τον καπνό και τις φλόγες. Μέσα στα θύματα αυτά αριθμείται και ο Κρουσανιώτης νέος που το καμένο του σώμα βρέθηκε κοντά στην Αγία Τράπεζα. Δύο μόλις άτομα κατόρθωσαν από τύχη να σωθούν και να μεταφέρουν την θλιβερή ιστορία στον Σερίφ Πασά, που είχε την έδρα του στον Άγιο Μύρωνα. Ο ίδιος ο Πασάς μετά την πυρπόλυση του Αγίου Χαραλάμπου φοβούμρνοε την συνέχιση των αντίποινων και άλλων δεινών, κατέφυγε με ασφάλεια στο Ηράκλειο. Τον ίδιο δρόμο ακολούθησαν και οι Τούρκοι της Μεσαράς, για τους ίδιους λόγους. Ο απόηχος των νικηφόρων αυτών γεγονότων, είχε έμμεσες συνέπειες στην παραπέρα πορεία και εξέλιξη του αγώνα. Τονώθηκε ακόμα το ηθικό των αγωνιστών και το άκουσμα της επιτυχίας, βοήθησε στο ξεσήκωμα και άλλων επαρχιών. Στην μεγάλη Κρητική επανάσταση 1866-69 η μνημειωμένη εκκλησία του Αγίου Χαραλάμπου έχει το μερδικό της. Από την έκθεση ωμοτήτων που συντάχθηκε τον Αύγουστο του 1867, αντλούμε την πληροφορία ότι κάηκε η εκκλησία δίνοντας έτσι άλλο ένα σημείο συνεισφοράς στους εθνικούς μας αγώνες.
Στον Άγιο Χαράλαμπο στον οποίο οι ντόπιοι παγίδεψαν κι έκαψαν 300 Τουρκαλβανούς κατά το δεύτερο χρόνο της Κρητικής Επανάστασης εναντίον των Τούρκων. Οι Τούρκοι χρησιμοποίησαν ένα μικρό παιδάκι ως όμηρο που κι αυτό με τη σειρά του πέθανε από ασφυξία.
Απο το βιβλίο ΟΔΟΙΠΟΡΙΚΟ ΣΤΑ ΞΩΚΛΗΣΙΑ του Δήμου Κρουσώνα.
http://krouswnas.weebly.com/