Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Ζάκρου βρίσκεται πάνω στον κεντρικό οδικό άξονα που διασχίζει την Επάνω Ζάκρο, στον ισόγειο χώρο του Πολύκεντρου.
Το Μουσείο είναι αφιερωμένο στα χαρακτηριστικά του Φυσικού Περιβάλλοντος του Πάρκου. Μέσα από μικρές αναπαραστάσεις οικοτόπων (διοράματα), προθήκες, ταριχευμένα ζώα, πετρώματα, απολιθώματα και πόστερς, παρουσιάζονται τα ιδιαίτερα στοιχεία της χλωρίδας, πανίδας και γεωλογίας της περιοχής.
Ο επισκέπτης έχει τη δυνατότητα να προμηθευτεί όλο το έντυπο υλικό του Φυσικού Πάρκου, να παρακολουθήσει το Βίντεο για το Φυσικό Πάρκο της Σητείας και να περιηγηθεί μέσα από το διαδίκτυο στην ιστοσελίδα του Πάρκου και στα Ευρωπαϊκά και Παγκόσμια Γεωπάρκα της UNESCO.
Το Μουσείο διαθέτει χώρους στάθμευσης και υγιεινής και είναι ανοικτό κατά τους θερινούς μήνες, ενώ κατά τους χειμερινούς κατόπιν συνεννόησης με τις αρχές του Πάρκου ή το Δήμο Σητείας.
