Tο Μουσείο δημιουργήθηκε στα τέλη του περασμένου αιώνα κάτω μάλιστα υπό τουρκική κατοχή. Άλλαζε συχνά αναγκαστικά στέγη. Σήμερα
στεγάζεται στην Εμπορική Οθωμανική Σχολή, το κτίριο της οποίας έχει κηρυχθεί διατηρητέο και έχει παραχωρηθεί στο Υπουργείο Πολιτισμού
από τον Δήμο Ιεράπετρας.
Στις συλλογές περιλαμβάνονται:
Μινωική τέχνη:γραπτές μινωικές σαρκοφάγοι,λυχνάρια,υστερομινωικά ΙΙΙ αγγεία (1400-1200 π.Χ.),κυρίως ψευδόστομοι αμφορείς και κρατήρες.
Γεωμετρική τέχνη: (ειδώλια, αγγεία), 9ος-8ος αιώνας π.Χ.
Αρχαϊκή τέχνη: (κυρίως ειδώλια και ανάγλυφα πλακίδια). Τέλη 7ου-6ου αιώνα π.Χ.
Κλασική και Ελληνιστική Τέχνη: (αγγεία και ειδώλια), 5ος-1ος αιώνας π.Χ.
Ελληνορωμαϊκή τέχνη: (αγγεία και ειδώλια). Τέλη 1ου π.Χ. - 4ου μ.Χ. αιώνα. Γλυπτά και αγάλματα ρωμαϊκών χρόνων. Επιγραφές επιτύμβιες
και αναθηματικές, ελληνορωμαϊκών χρόνων.
Πήλινη σαρκοφάγος (Αρ. Μουσείου 899). Προέρχεται από λαξευτό πεταλοειδή τάφο του 1450-1400 π.Χ. από την περιοχή Επισκοπής Ιεράπετρας. Είναι κιβωτιόσχημη, με σαμαρόσχημο κάλυμμα, που στη μία απόληξη της κορυφής έχει βουκράνιο και στην άλλη ανθρωπόμορφο ειδώλιο. Οι παραστάσεις που καλύπτουν όλες τις επιφάνειες διακοσμούνται με σκηνές, σε πλαίσια, από την καθημερινή ζωή στην ύπαιθρο.
Τιμητική επιγραφή (Αρ. Μ. 53), η οποία στήθηκε για να θυμίζει την τιμή που έκανε η πόλη της Ιεράπυτνας στον Τίτο Κλαύδιο Αρισταγόρα να τον ονομάσει προστάτη και έκδικο, δηλαδή προστάτη των συμφερόντων του Δήμου, γιατί επισκεύασε με δικά του χρήματα το κατεστραμμένο κτήριο των Δημόσιων Αρχείων.
Πήλινο πλαστικό αγγείο (Αρ. Μ. 280). Το αγγείο έχει σχηματισθεί από την κωμική παράσταση γέρου που κάθεται στα πόδια του. Η κεφαλή δυσανάλογα μεγάλη, με μακριά γενειάδα, τεράστια φουσκωτή κοιλιά και κοντά πόδια που με δυσκολία τον στηρίζουν. Το στόμιο του αγγείου βρίσκεται πάνω στο κεφάλι του.
Διαστάσεις: 0,101 εκ. Μέγιστη Διάμετρος Χείλους σωζόμενη: 0,029 εκ. Πάχος: 0,007 εκ. Προέλευση: Χαλασμένος. Τομέας Α. Σπίτι Α.1. Σώζεται ένα μεγάλο τμήμα (χείλος/σώμα/βάση) που αντιστοιχεί στο 1/3 περίπου συγκολλημένο από πολλά όστρακα και συμπληρωμένο με γύψο. Επίσης, σώζονται όστρακα που συνανήκουν αλλά δεν κολλούν ούτε μεταξύ τους αλλά ούτε και με το μεγάλο συγκολλημένο τμήμα του αγγείου. Σε ένα από αυτά σώζεται τμήμα της λαβής. Βάση επίπεδη με γωνιώδη περιφέρεια. Σώμα κωνικό, κοίλου περιγράμματος. Χείλος κοντό έξω νεύον, τριγωνικής διατομής. Λαβή κάθετη και υπερυψωμένη, τοξοειδής φύεται από το χείλος. Πηλός καστανοπορτοκαλής με γκρίζο ανοιχτόχρωμο πυρήνα στο κάτω μέρος του σώματος. Λεπτός με αρκετές προσμίξεις, ανομοιόμορφης όπτησης. Αλείφωμα υπόλευκο, σχετικά πυκνό και διατηρείται κατα τόπους. Βαφή πορτοκαλόχρωμη. Διακόσμηση εσωτερικά: Πλατιές ταινίες εγκάρσια τοποθετημένες στο χείλος. Ακολουθούν 3 οριζόντιες ταινίες στο σώμα και άλλη μία στη βάση. Διακόσμηση εξωτερικά: Ταινία στην περιφέρεια της βάσης. Άλλη μια στο χείλος και στο μέσον του σώματος που σχηματίζουν ζώνη με οριζίντια και πλατιά οφιόσχημη ταινία (πλοκάμι χταποδιού), η οποία ξεκινά εκατέρωθεν μετόπης με δικτυωτό.
