Την εποχή της ενετοκρατίας οι στόλοι, εμπορικοί και πολεμικοί, έχουν ανάγκη από ειδικά διαμορφωμένους και εξοπλισμένους χώρους για να κατασκευάζονται τα πλοία. Οι Eνετοί φρόντισαν να οργανώσουν τα λιμάνια τους, τα ναυπηγεία και τους ναύσταθμους. Ετσι ο ναύσταθμος της Βενετίας, εξελίχτηκε και έγινε ένα μεγάλο ναυπηγικό κέντρο και ο ναύσταθμος του Χάνδακα, το σημαντικότερο ανάλογο κέντρο που συγκροτήθηκε στις κτήσεις της στην ανατολική Μεσόγειο. Σε κάθε ναύσταθμο, υπήρχαν μεγάλοι στεγασμένοι χώροι όπου γίνονταν η ναυπήγηση των πλοίων, η επισκευή τους και η προφύλαξη τους.
Τους χώρους αυτούς που ονομάζονταν νεώρια ή νεώσοικοι, κατά το χειμώνα όταν οι καιρικές συνθήκες ήταν πολύ άσχημες σύρονταν με τη βοήθεια μηχανικών μέσων τα καράβια που κινδύνευαν, για να προφυλαχτούν από την τρικυμία.
Τα στέγαστρα αυτά ήταν επίσης εξοπλισμένα με κατάλληλα μέσα ώστε να μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως ναυπηγεία-ταρσανάδες, όπου είτε επισκευάζονταν οι γαλέρες είτε ναυπηγούνταν νέες. Στο λιμάνι του Χάνδακα και στο μυχό του όρμου του κατασκευάστηκαν 19 τέτοια στέγαστρα, ομαδοποιημένα σε τρία συγκροτήματα.
Τα πρώτα χρήματα για να οργανωθεί ο ναύσταθμος στο λιμάνι του Χάνδακα, έρχονται από τη Βενετία περίπου το 1281 και το πρώτο συγκρότημα νεώριων αρχίζει να κατασκευάζεται τη χρονιά εκείνη, στο νοτιότερο σημείο του λιμανιού. Όμως το 1303 ένας ισχυρός σεισμός κατάστρεψε αυτή την πρώτη κατασκευή και ένα νέο συγκρότημα άρχισε να κατασκευάζεται αργότερα στην ίδια θέση.
Το 1362 προστέθηκαν και άλλα κτίσματα, και το 1472 φαίνεται να υπάρχουν πλέον πέντε επιμήκεις και θολωτοί χώροι στο συγκρότημα. Αυτό το συγκρότημα των πρώτων νεώριων ονομάζεται Arsenali Antichi και αποπερατώθηκε πλήρως το 1507.
Όμως ένα χρόνο μετά τα νεώρια πλήττονται, για ακόμα μια φορά, από σεισμό. Από το 1517 έως το 1550, σχέδια και προτάσεις για την επέκταση των νεωρίων εναλλάσσονται δίχως οι αξιωματούχοι να καταλήγουν σε αποφάσεις. Το 1550 αποφασίστηκε η κατασκευή του 2ου συγκροτήματος με όνομα Arsenali Vecchi. Διέθετε 4 επιμήκεις θολοσκεπείς χώρους και τελείωσε το 1556. Τα Arsenali Vecchi. ή Bembo ονομάστηκαν έτσι προς τιμήν του κατασκευαστή τους Gian Matteo Bembo.
Δυτικά από το συγκρότημα των Arsenali Vecchi κατασκευάστηκε μεγάλη σκάλα που οδηγούσε από την Πύλη των Νεωρίων που βρισκόταν 6,5 μέτρα πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας, σε ύψος 1,5 μέτρο από την επιφάνεια της θάλασσας.
Τον ίδιο χρόνο (1566) αρχίζει η κατασκευή του τρίτου συγκροτήματος νεωρίων, στη νοτιοανατολική γωνία του λιμανιού. Το συγκρότημα ονομάζεται Arsenali Duodo ή Nuovi. και αποτελείται αρχικά από τρεις επιμήκεις θολωτούς χώρους. Λίγα χρόνια μετά, το 1564 ένας νέος σεισμός προκαλεί ζημιές στα Arsenali Antichi και Arsenali Nuovi, στα οποία έως το 1570, εκτελούνται εργασίες επισκευής.
Την περίοδο αυτή τα Arsenali Nuovi αποκτούν δύο ακόμα χώρους και επεκτείνονται με την κατασκευή των Arsenali Nuovissimi που ολοκληρώνονται το 1608. Η λεκάνη του λιμένα του Χάνδακα απέκτησε την οριστική της μορφή κατά τη δεύτερη δεκαετία του 17ου αιώνα, όταν, με την οικοδόμηση των 19 νεώριων και τη διαμόρφωση της μεγάλης δεξαμενής νερού ολοκληρώθηκε η κατασκευή των μεγάλων κτισμάτων, που συνέθεταν το σπουδαιότερο εμπορικό και εξαγωγικό κέντρο των ενετών στην ανατολική Μεσόγειο.
Όλοι οι χώροι των Νεωρίων έκλειναν με μεγάλα ξύλινα θυρόφυλλα. Αυτά δεν ήταν πλήρη αλλά είχαν κατασκευαστεί από χοντρά καδρόνια που άφηναν κενά διαστήματα μεταξύ τους. Συνολικά τα Νεώρια ή ταρσανάδες διέθεταν δεκαεννιά μεγάλους επιμήκεις θολοσκεπείς χώρους όπου γίνονταν επισκευές και ναυπηγήσεις. Τον 20ο αιώνα. για τη διαμόρφωση της νέας παραλιακής λεωφόρου κατεδαφίστηκε το μεγαλύτερο τμήμα των Arsenali Vecchi και Arsenali Nuovi - Nuovissimi.
