Η Μονή Καψά μέχρι πριν από λίγα χρόνια ήταν εντελώς απομονωμένη καθώς δεν ήταν εύκολα προσεγγίσιμη από την ξηρά, αλλά κυρίως από την θάλασσα. Είναι το ανατολικότερο μοναστικό κέντρο της νότιας παραλίας της Κρήτης, κτισμένο σε απόκρημνη θέση, προσκολλημένο σε κάθετους βράχους, ανατολικά της εξόδου του φαραγγιού των Περβολακίων.
Το οικοδομικό συγκρότημα της μονής αναπτύχθηκε σταδιακά με διαρκείς προσθήκες και μετασκευές από την βυζαντινή περίοδο μέχρι και τον προηγούμενο αιώνα.
Το καθολικό είναι ένας δίκλιτος καμαροσκεπής ναός ο οποίος φράσσει ένα σπήλαιο. Τα ελάχιστα σπαράγματα βυζαντινών τοιχογραφιών που σώζονται επιζωγραφισμένα και σε κακή κατάσταση πάνω στη βραχώδη νοτιοανατολική πλευρά του ναού, δηλώνουν ότι το έτος οικοδομήσεως 1861 που αναγράφεται σε επιγραφή πάνω από την είσοδο του ναού συνδέεται με μια φάση ανακαίνισης ενός κτίσματος που ανάγεται στην ύστερη βυζαντινή περίοδο.
Ο Ιωάννης Βιτσέντζος ή Γεροντογιάννης γεννήθηκε το 1799 στο ημιερειπωμένο τότε Μονύδριο του Τιμίου Προδρόμου Καψά. Η νεώτερη ιστορία της Μονής αρχίζει με την απόφαση του να εγκατασταθεί το έτος 1841, στην έρημο του Καψά. Ο Όσιος Γεροντογιάννης έμενε σ’ ένα απόκρημνο σπήλαιο για δεκαεπτά χρόνια βορειοδυτικά του σπηλαιώδους ναού και τα παλιά κελιά παραχωρήθηκαν στους πολυάριθμους προσκυνητές, ενώ αρκετοί ήταν και οι υποψήφιοι μοναχοί που ήθελαν να μονάσουν δίπλα στον ερημίτη. Τα γεγονότα αυτά επέβαλαν την ανακαίνιση της Μονής, την επισκευή των παλιών κτιρίων και την ανέγερση νέων.
Ο Όσιος ζούσε με έντονη άσκηση, προσευχή και νηστεία. Απέκτησε από τον Θεό πλούσια χαρίσματα, ώστε επιτελούσε καθημερινά πάμπολλα θαύματα σε όσους με πίστη στο Θεό πλησίαζαν κοντά του. Ο Γεροντογιάννης, διατηρώντας την εσωτερική κατάσταση της ησυχίας του και κινούμενος από άπειρη αγάπη προς τον πάσχοντα άνθρωπο κατά το πρότυπο του Κυρίου ημών Ιησού Χριστού, συμβούλευε, ενίσχυε και θεράπευε όλους τους ασθενείς, χαρίζοντάς τους με την χάρη του Κυρίου την υγεία της ψυχής και του σώματος. Ήταν ευρύτατα γνωστό ότι ο Όσιος σταύρωνε το νερό της θάλασσας και γινόταν γλυκό. Ακόμα έριχνε το ράσο του στη θάλασσα και το χρησιμοποιούσε ως σχεδία για να μεταβαίνει τακτικά χάριν ησυχίας στο Κουφονήσι, νησί που απέχει αρκετά μίλια από τη Μονή.
Τάφηκε στις 9 Αυγούστου 1874 μέσα στην Εκκλησία του Τιμίου Προδρόμου στη νοτιοδυτική γωνία σε πέτρινο λαξευμένο τάφο από τον εγγονό του και μετέπειτα ηγούμενο της Μονής Αρχιμ. Ιωσήφ Γεροντάκη. Τα ιερά λείψανα τοποθετήθηκαν μέσα σε αργυρή λάρνακα μαζί με την τίμια κάρα του σε περίβλεπτη θέση του ναού και εκπέμπουν ευωδία. Κατατάχθηκε επίσημα στο Αγιολόγιο της Ορθόδοξης Εκκλησίας από το Οικουμενικό Πατριαρχείο στις 16 Νοεμβρίου 2004.
Το μοναστήρι σήμερα είναι ενεργό ως ανδρική Μονή.