Η ανάγκη για τη δημιουργία ενός ανώτατου εκπαιδευτικού ιδρύματος στην Κρήτη είχε προκύψει από νωρίς· γεωγραφικοί και δημογραφικοί λόγοι επέβαλαν να λειτουργήσει εδώ το τρίτο ελληνικό πανεπιστήμιο, ποικίλες όμως αιτίες καθυστέρησαν τη δημιουργία του. Το ιδρυτικό διάταγμα δημοσιεύτηκε το 1973. Έδρα του πανεπιστημίου ορίστηκε το Ρέθυμνο, όπου αποφασίστηκε να παραμείνουν οι θεωρητικές σχολές και να εγκατασταθούν στο Ηράκλειο οι θετικές.
Η χρονική συγκυρία της δημιουργίας του Πανεπιστημίου Κρήτης στάθηκε ιδιαίτερα θετική· η κοινωνία διέθετε τη βούληση και τις δυνάμεις να ανανεωθεί. Έτσι, το πανεπιστήμιο προχώρησε από την πρώτη στιγμή σε καινοτομίες και σε γόνιμους πειραματισμούς. Το Πανεπιστήμιο Κρήτης ευτύχησε από την αρχή να στελεχωθεί με καταξιωμένους επιστήμονες, πολλοί από τους οποίους ήρθαν από ευρωπαϊκά και αμερικανικά ιδρύματα, όπου ήδη απολάμβαναν τη διεθνή αναγνώριση. Οι πρώτοι καθηγητές που ανέλαβαν να οργανώσουν το Πανεπιστήμιο, αλλά και οι επόμενες γενιές, έδωσαν ιδιαίτερη σημασία στη διαμόρφωση ευνοϊκών συνθηκών για την καλλιέργεια της έρευνας, τόσο εντός του Πανεπιστημίου, όσο και σε σύνδεση με ερευνητικά κέντρα.
Οι πρώτοι φοιτητές εισήχθησαν το 1977-78. Τη χρονιά εκείνη λειτούργησε το Τμήμα Μαθηματικών στο Ηράκλειο, με ογδόντα πρωτοετείς φοιτητές και η, ενιαία ακόμη τότε, Φιλοσοφική Σχολή στο Ρέθυμνο με εκατόν σαράντα περίπου φοιτητές.
Σήμερα το Πανεπιστήμιο Κρήτης διαθέτει πέντε σχολές (Φιλοσοφική, Κοινωνικών Επιστημών, Επιστημών Αγωγής, Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών, και Επιστημών Υγείας), με δεκαεπτά τμήματα που καλύπτουν έναν ευρύτατο επιστημονικό χώρο. Στο Πανεπιστήμιο Κρήτης φοιτούν, περίπου, 14.400 προπτυχιακοί, 1.300 μεταπτυχιακοί φοιτητές, και 1.300 υποψήφιοι διδάκτορες. Αντίστοιχα το διδακτικό και ερευνητικό προσωπικό όλων των βαθμίδων αποτελείται από, περίπου, 500 μέλη Διδακτικού και Ερευνητικού Προσωπικού, ενώ οι διδακτικές και ερευνητικές δραστηριότητες υποστηρίζονται από περίπου 90 συμβασιούχους διδάσκοντες, 110 μέλη Ειδικού & Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού και Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού. και 380 διοικητικούς υπαλλήλους.
Το Πανεπιστήμιο Κρήτης διαθέτει μία πλούσια και εξαιρετικά οργανωμένη Βιβλιοθήκη, Μουσείο Φυσικής Ιστορίας, Αστεροσκοπείο, πολλά Ερευνητικά Εργαστήρια ενσωματωμένα στα τμήματα, ενώ διατηρεί στενές σχέσεις με το Ινστιτούτο Τεχνολογίας και Έρευνας και το Ελληνικό Κέντρο Θαλάσσιων Ερευνών, καθώς και δεσμούς με πολλά πανεπιστήμια και ερευνητικά ιδρύματα άλλων χωρών.
Οι αξιολογήσεις του εκπαιδευτικού και του ερευνητικού έργου του Πανεπιστημίου Κρήτης από ανεξάρτητες αρχές και η σταδιοδρομία των αποφοίτων του αποδεικνύουν την ποιότητα της ακαδημαϊκής του λειτουργίας. Το Πανεπιστήμιο Κρήτης, ένα πανεπιστήμιο της ελληνικής περιφέρειας, έχει σημαντική θέση στο στερέωμα της ευρωπαϊκής έρευνας και της διεθνούς επιστημονικής κοινότητας έχοντας πάντοτε στέρεους δεσμούς με τον τόπο που το φιλοξενεί και την ελληνική κοινωνία.
Το Πανεπιστήμιο Κρήτης βρίσκεται σε δύο από τους μεγαλύτερους δήμους της Κρήτης.
Στον Δήμο Ρεθύμνου, στην περιοχή του Γάλλου και στον Δήμο Ηρακλείου, στις περιοχές της Κνωσού και των Βουτών.
Στην Πανεπιστημιούπολη του Γάλλου βρίσκονται τα τμήματα της Φιλοσοφικής Σχολής, της Σχολής Φιλοσοφικών και Κοινωνικών Σπουδών και των Επιστημών της Αγωγής.
Στην Πανεπιστημιούπολη της Κνωσού βρίσκονται σήμερα, τα τμήματα Επιστήμης Υπολογιστών, Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών της Σχολής Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών.
Τα υπόλοιπα τμήματα της Σχολής (Βιολογίας, Φυσικής, Επιστήμης και Τεχνολογίας Υλικών και Χημείας) καθώς και η Σχολή Επιστημών Υγείας, βρίσκονται ήδη στην νέα Πανεπιστημιούπολη στις Βούτες όπου εντός του επόμενου έτους αναμένεται να έχει μεταφερθεί το σύνολο των ακαδημαϊκών τμημάτων και των υποστηρικτικών δομών του Πανεπιστημίου. .
Η έρευνα είναι από τους βασικότερους δείκτες της πορείας ενός Πανεπιστημίου και η αποτίμησή της είναι υποχρέωση και καθήκον της εκάστοτε Διοίκησής του. Το Πανεπιστήμιο Κρήτης από ιδρύσεώς του είχε ερευνητικό προσανατολισμό σε όλα τα επιστημονικά αντικείμενα, που θεραπεύονται από τα 17 Τμήματα και τα διάφορα εργαστήριά του, με αποτέλεσμα να αποτελεί σήμερα στην κυριολεξία τον χώρο στον οποίο καλλιεργείται και παράγεται νέα γνώση και τεχνολογική καινοτομία σε ένα μεγάλο φάσμα ερευνητικών περιοχών και ειδικότερα, στην βιοϊατρική και υγεία, την βιοτεχνολογία, το περιβάλλον - χερσαίο, θαλάσσιο και ατμοσφαιρικό -, την πληροφορική, την φυσική, τα μαθηματικά και τα εφαρμοσμένα μαθηματικά, την νανοτεχνολογία, την επιστήμη των υλικών, την επιστήμη της θάλασσας, την εκπαίδευση και την γλώσσα, την ιστορία και την αρχαιολογία, την ψυχολογία, τις κοινωνικές, τις πολιτικές και τις οικονομικές επιστήμες.
Η αριστεία στην έρευνα είναι βασικό στοιχείο προσανατολισμού στην εξέλιξη του Πανεπιστημίου Κρήτης με στόχο την προσέλκυση ερευνητών και την διεξαγωγή έρευνας υψηλού επιπέδου. Η πορεία αυτή υποστηρίζεται άμεσα από τις υπάρχουσες υποδομές, ένα πλήθος επιστημόνων (506 μέλη ΔΕΠ & και κατά μέσο όρο 140 συμβασιούχους ΠΔ-407 ετησίως) και ένα ισχυρό Διοικητικό Προσωπικό (502 άτομα σε θέσεις ΕΤΕΠ, ΕΕΔΙΠ, ΜΟΝΙΜΟΙ, ΙΔΑΧ). Ένα δίκτυο ερευνητικών συνεργασιών έχει αναπτυχθεί και υποστηρίζεται διαρκώς μέσα από τα υλοποιούμενα έργα, τη συνεργασία με Ερευνητικά Κέντρα διεθνούς κύρους, την αλληλεπίδραση με επιχειρήσεις και ιδιώτες.
Η κατάταξη του Πανεπιστημίου Κρήτης ανάμεσα σε άλλα Ευρωπαϊκά ή Διεθνή Πανεπιστήμια βρίσκεται ανάμεσα στα 500 στα καλύτερα Πανεπιστήμια της Ευρώπης.
Ένας μεγάλος αριθμός ερευνητικών προγραμμάτων υλοποιείται στο Πανεπιστήμιο Κρήτης κάτω από το πλαίσιο διαχείρισης του Ειδικού Λογαριασμού και της Επιτροπής Ερευνών. Τα έργα αυτά ενισχύουν τη βασική έρευνα, τις εφαρμογές, την καινοτομία, τα ερευνητικά πρωτόκολλα, την εκπαίδευση, την επιμόρφωση, την ανάδειξη και διάχυση ερευνητικών αποτελεσμάτων.
Αναλυτική παρουσίαση της ερευνητικής δραστηριότητας που διενεργείται σε κάθε Τμήμα είναι δυνατή μέσα από τις ιστοσελίδες κάθε Τμήματος / τομέα.