Τα Χανιά είναι παραλιακή πόλη της βορειοδυτικής Κρήτης, ένας από τους σημαντικότερους λιμένες της Κρήτης και πρωτεύουσα του νομού Χανίων. Υπήρξε σημαντική μινωική πόλη και έχει ταυτισθεί με την αρχαία Κυδωνία.
Τα Χανιά είναι η τοποθεσία σύμφωνα με την οποία οι Μινωίτες έκτισαν τη "Κυδώνια". Από ανασκαφές που έγιναν σε διάφορες συνοικίες, όπως αυτή στο Καστέλι, βρέθηκε οτι η περιοχή ήταν κατοικημένη από τη Νεολιθική εποχή. Η πόλη αποτέλεσε μετά τη Μινωική εποχή, μια σημαντική πόλη-κράτος με όρια από την θάλασσα μέχρι τους πρόποδες των Λευκών Ορέων.
Οι πρώτοι αποικιστές από την ηπειρωτική Ελλάδα ήταν οι Δωριείς γύρω στο 1100 π.Χ. Η Κυδωνία βρισκόταν σε συνεχείς διενέξεις με τις άλλες πόλεις κράτη της περιοχής όπως τα Άπτερα, η Φαλάσαρνα και η Πολυρρήνεια. Επίσης ο Όμηρος την ανέφερε στην Οδύσσεια (iii.330). Το 69 π.Χ. ο Ρωμαίος πρόξενος Caecilius Metellus κατέλαβε την Κυδωνία η οποία έλαβε προνόμια ανεξάρτητης πόλης-κράτους από τους Ρωμαίους όπου και κράτησε το δικαίωμα να έχει δικό της νόμισμα μέχρι τον τρίτο αιώνα μ.Χ.
Οι πρώτοι αποικιστές από την ηπειρωτική Ελλάδα ήταν οι Δωριείς γύρω στο 1100 π.Χ. Η Κυδωνία βρισκόταν σε συνεχείς διενέξεις με τις άλλες πόλεις κράτη της περιοχής όπως τα Άπτερα, η Φαλάσαρνα και η Πολυρρήνεια. Επίσης ο Όμηρος την ανέφερε στην Οδύσσεια (iii.330). Το 69 π.Χ. ο Ρωμαίος πρόξενος Caecilius Metellus κατέλαβε την Κυδωνία η οποία έλαβε προνόμια ανεξάρτητης πόλης-κράτους από τους Ρωμαίους όπου και κράτησε το δικαίωμα να έχει δικό της νόμισμα μέχρι τον τρίτο αιώνα μ.Χ.
Η πρώτη βυζαντινή περίοδος διήρκεσε από το 395 ως το 824 μ.Χ. Γι'αυτήν δεν υπάρχουν αρκετές καταγραφές. Κατά την Αραβοκρατία που ακολούθησε η πόλη ονομαζόταν Al Hanim. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου οι Χριστιανικοί πληθυσμοί μετακινήθηκαν προς τα ορείνα του νομού λόγω των διωγμών. Ο Βυζαντινός στρατηγός Νικηφόρος Φωκάς επανακατάλαβε την πόλη το 961 μ.Χ. Η δεύτερη βυζαντινή περίοδος κράτησε μέχρι το 1204 μ.Χ. και το όνομα της άλλαξε σε Χανιά. Οι βυζαντινοί άρχισαν να ενισχύουν με οχυρωματικά έργα την πόλη χρησιμοποιώντας αρχαία οικοδομικά υλικά, με σκοπό να αποτρέψουν και άλλη αραβική επιδρομή. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου τα Χανιά αποτελούν επίσης έδρα επισκόπου.
Παρόλα αυτά τα τείχη της δεν κατάφεραν να αποτρέψουν τους Οθωμανούς απο το να καταλάβουν την πόλη το 1645 ύστερα απο μια 2μηνη πολιορκία. Οι Οθωμανοί αποβιβάστηκαν κοντά στο μοναστήρι της Γωνιάς στην Κίσσαμο, το οποίο και λεηλάτησαν και έκαψαν. Πολιόρκησαν τα Χανιά στις 2 Αυγούστου 1645. Οι απώλειες και απο τις δυο πλευρές ήταν τεράστιες (ειδικά των Οθωμανών). Ο Οθωμανός διοικητής εκτελέστηκε στην επιστροφή του έχοντας χάσει περισσότερους απο 40,000 άντρες. Αργότερα οι περισσότερες εκκλησίες μετατράπηκαν σε τζαμιά και τα πλούτη της πόλης μεταφέρθηκαν στην έδρα της Οθωμανικής αυτοκρατοριάς, την Κωνσταντινούπολη.
Οι Τούρκοι εποίκησαν τις ανατολικές συνοικείες της πόλης (Καστέλι και Σπλάτζια), όπου και μετέτρεψαν τον Άγιο Νικόλαο των Δομινικανών μοναχών στο Κεντρικό τους τζάμι ("Houghiar Tzamissi" Turkish: Hünkar Camisi). Έκτισαν επίσης και νέα τζαμιά όπως αυτο του Kioutsouk Hassan στο παλιό λιμάνι. Τα δημόσια λουτρά (hamam) χτίστηκαν απο τους Τούρκους λίγο πιο πάνω, στη σημερινή οδό Χάληδων. Στα Χανιά διέμενε και ο Πασάς της Κρήτης.
Οι Τούρκοι εποίκησαν τις ανατολικές συνοικείες της πόλης (Καστέλι και Σπλάτζια), όπου και μετέτρεψαν τον Άγιο Νικόλαο των Δομινικανών μοναχών στο Κεντρικό τους τζάμι ("Houghiar Tzamissi" Turkish: Hünkar Camisi). Έκτισαν επίσης και νέα τζαμιά όπως αυτο του Kioutsouk Hassan στο παλιό λιμάνι. Τα δημόσια λουτρά (hamam) χτίστηκαν απο τους Τούρκους λίγο πιο πάνω, στη σημερινή οδό Χάληδων. Στα Χανιά διέμενε και ο Πασάς της Κρήτης.
Το 1821 με την έναρξη της ελληνικής επανάστασης, υπήρξαν διαμάχες μεταξύ των Χριστιανών και Μουσουλμάνων στα Χανιά, που οδήγησαν σε μεγάλες απώλειες και απο τις δυο πλευρές. Ο επίσκοπος Κισσάμου, Μελχισεδέκ Δεσποτάκης κρεμάστηκε απο τους Τούρκους σε ένα πλάτανο στην πλατεία της Σπλάτζιας, ο οποίος υπάρχει εως σήμερα. Το 1878, υπογράφηκε η συνθήκη της Χαλέπας. Μεγάλο μέρος των Μουσουλμάνων σκοτώθηκαν ή μετακινήθηκαν στην Τουρκία.
Το 1898, κατά τη διάρκεια των τελευταίων κινημάτων για ανεξαρτησία και ένωση με την Ελλάδα, οι Μεγάλες δυνάμεις έκαναν τα Χανιά πρωτεύουσα της ημιαυτόνομης Κρητικής Πολιτείας, με ύπατο αρμοστή της τον πρίγκιπα Γεώργιο. Το παλάτι βρίσκεται στην συνοικία Καστέλι πάνω από το παλιό λιμάνι. Κατά την διάρκεια αυτών των χρόνων η Κρήτη τύπωσε δικό της νόμισμα και γραμματόσημα. Η πόλη έπαψε να αποτελεί ένα απομακρυσμένο βιλαέτι της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και έγινε κοσμοπολίτικη ξανακερδίζοντας το ρόλο της ως σταυροδρόμι των πολιτισμών της Ευρώπης και της Ανατολής. Πολλά σημαντικά κτήρια χτίστηκαν κατά την περίοδο αυτή κυρίως στην οδό Νεάρχου καθώς και στο προάστιο της Χαλέπας όπου βρίσκονταν τα προξενεία των προστάτιδων δυνάμεων.
Παρόλα αυτά ο κύριος στόχος ήταν η ένωση με την Ελλάδα ο οποίος πραγματοποιήθηκε έπειτα από την στάση του Ελευθέριου Βενιζέλουπρος το πρίγκιπα Γεώργιο. Ύστερα από αρκετές διαμάχες, η επανάσταση του Θερίσου στις 10 Μαρτίου 1905, κατάφερε να διώξει τον Γεώργιο και να φέρει στην Κρήτη τον Αλέξανδρο Ζαΐμη. Τελικά το 1908 ο Βενιζέλος κατάφερε να εδραιώσει μια επαναστατική κυβέρνηση, η οποία αναγνωρίστηκε από τις Μεγάλες Δυνάμεις. Η μετέπειτα εκλογή του ως πρωθυπουργού της Ελλάδας το 1910 κατάφερε να ενώσει την Κρήτη με την Ελλάδα στις 1 Δεκεμβρίου 1913. Η Ελληνική σημαία υψώθηκε στο φρούριο του Φιρκά στο παλιό λιμάνι με την παρουσία του Βενιζέλου και του βασιλιά της Ελλάδας Κωνσταντίνου. Ο Βενιζέλος, ο οποίος κατάγεται από τις Μουρνιές Χανίων, υπήρξε αρχηγός της Κρητικής επανάστασης του 1896-97 εναντίων της Οθωμανικής αυτοκρατορίας και πρωθυπουργός της Ελλάδας (1910-1915, 1915, 1917-1920, 1924, 1928-1932, 1932 και 1933). Απεβίωσε στις 18 Μαρτίου 1936 και βρίσκεται θαμμένος στον Προφήτη Ηλία πάνω από τα Χανιά.
Την δεκαετία του ΄70 η Κρήτη μετετράπει σε ένα μείζονα τουριστικό προορισμό για διεθνή και ενχώριο τουρισμό, πράγμα το οποίο συνέβαλε στην άνθηση της οικονομίας και της πολιτιστικής ανάπτυξης της πόλης. Τα Χανιά έπαψαν να είναι πρωτέυουσα της Κρήτης το 1971 έπειτα απο 686 χρόνια.Μια άλλη σημαντική στιγμή στην ιστορία των Χανίων είναι η εισβολή και κατοχή απο τις δυνάμεις του Άξονα κατά τη διάρκεια του Β΄ παγκοσμίου πολέμου. Έπειτα απο ένα ανήλεη βομβάρδισμο της πόλης απο την γερμανική αεροπορία τον Μάιο του 1941 οι Γερμανοί αλεξιπτωτιστές εισέβαλαν στην πόλη απο τα δυτικά (απο τις περιοχές του Γαλατά και του Μάλεμε) και απωθήθηκαν απο τους βρετανούς στον λόφο της Δεξαμενής στα νότια της πόλης. Ο βασιλιάς Γεώργιος διέμεινε σε μια βίλα στα Περιβόλια, κοντά στα Χανιά, στην προσπάθεια του να ξεφύγει απο τους Γερμανούς στην Αίγυπτο.
Η Εβραική κοινότητα των Χανίων υπέστει σημαντικές απώλειες κατά την διάρκεια της 5ετούς κατόχης. Οι περισσότεροι απο αυτούς, όπως και άλλοι αντιστασιακοί μεταφέρθηκαν απο τους Γερμανούς σε στρατόπεδα συγκέντρωσης στην κεντρική Ευρώπη. Το 1944 μια Βρετανική τορπίλη βύθισε το "Ταναϊς"όπου μετέφερε το μεγαλύτερο μέρος της εβραικής κοινότητας Χανίων. Τα Χανία ήταν η τελευταία Ευρωπαική πόλη που απελευθερώθηκε απο τους Γερμανούς τον Απρίλιο του 1945 με τους Γερμανούς να εκτελούν ντόπιους μέχρι την τελευταία στιγμη.
Η Εβραική κοινότητα των Χανίων υπέστει σημαντικές απώλειες κατά την διάρκεια της 5ετούς κατόχης. Οι περισσότεροι απο αυτούς, όπως και άλλοι αντιστασιακοί μεταφέρθηκαν απο τους Γερμανούς σε στρατόπεδα συγκέντρωσης στην κεντρική Ευρώπη. Το 1944 μια Βρετανική τορπίλη βύθισε το "Ταναϊς"όπου μετέφερε το μεγαλύτερο μέρος της εβραικής κοινότητας Χανίων. Τα Χανία ήταν η τελευταία Ευρωπαική πόλη που απελευθερώθηκε απο τους Γερμανούς τον Απρίλιο του 1945 με τους Γερμανούς να εκτελούν ντόπιους μέχρι την τελευταία στιγμη.
Παρόλο που βομβαρδίστηκε και κάηκε αρκετές φορές στην μακρόχρονη ιστορία της, η παλιά πόλη των Χανίων θεωρείτε απο τις ομορφότερες πόλεις της Μεσογείου (η "Βενετία της Ανατολής"). Σε διάφορα σημεία ο ταξιδιώτης μπορεί να συναντήσει δείγματα όλων των πολιστισμών που πέρασαν απο αυτήν. Στο κέντρο της βρίσκεται ο λόφος του Καστελίου, ο οποίος κατοικείται απο τη Νεολιθική εποχή, και αποτελεί οχυρή θέση δίπλα στο παλιό λιμάνι. Σε αυτο βρίσκεται το παλάτι του Ύπατου αρμοστή Κρήτης κατα την περίοδο της Κρητικής Πολιτείας καθώς και η πρυτανεία του Πολυτεχνείου Κρήτης. Επίσης βρίσκονται αρχαιολογικοί χώροι απο την μινωίκη εποχή.