Ο ναός της Παναγίας της Κουμπελίνας ή Κουμπελίδικη (δηλαδή με τρούλλο) είναι κτισμένη στον αρχιτεκτονικό τύπο του απλού εγγεγραμμένου, σταυροειδούς με τρούλλο. Μεταγενέστερα προστέθηκε δυτικά ευρύς καμαροσκέπαστος, εγκάρσιος νάρθηκας. Λείψανα τόξου στα δυτικά της βόρειας όψης δείχνουν ότι αρχικά υπήρχε στην ίδια θέση θολοσκέπαστος νάρθηκας. Ο μεταγενέστερος νάρθηκας μπορεί να χρονολογηθεί στους δύο τελευταίους αιώνες της βενετοκρατίας, όπως φαίνεται από την κατασκευή του και μορφολογικά στοιχεία, όπως τον επιμήκη ελλειψοειδή φωταγωγό στο άνω μέρος της βόρειας όψης και το τοξωτό άνοιγμα στη δυτική όψη.
Το ενδιαφέρον θύρωμα της εισόδου στη νότια όψη του νάρθηκα είναι πλούσια διακοσμημένο με ημικυλινδρικές γλυφές, κόσμημα στη βάση των περιθύρων, ευθύγραμμο γείσο και κυρίως με ένα διπλής καμπυλότητας τόξο στο υπέρθυρο, που καταλήγει σε κόσμημα με άνθος, ενώ η βάση καταλήγει σε έλικες. Μπροστά από την είσοδο είναι κατασκευασμένος με επιμέλεια απλός τάφος. Κατά τον 19ο αι. εξαιτίας της κακής κατάστασης του ναού προστέθηκαν στις κατά μήκος πλευρές ογκώδεις αντηρίδες. Ο ραδινός τρούλλος και τα υποτυπώδη σταυροθόλια στα γωνιαία διαμερίσματα στηρίζονται σε τρεις πεσσούς και έναν κίονα. Εξωτερικά ο τρούλλος κοσμείται από δέκα μικρά, αδέξιας κατασκευής τόξα που πατούν σε πώρινους ημικιονίσκους, ενώ γενικά η δομή του ομοιάζει περισσότερο με ελλαδικού τύπου.
Στη βόρεια και νότια όψη διακρίνονται λείψανα από δίλοβα, τοξωτά παράθυρα. Το δίλοβο παράθυρο στην ημικυλινδρική αψίδα του ιερού αποκαταστάθηκε πρόσφατα. Οι πλάγιες επιφάνειες εξωτερικά διαμορφώνονται πλαστικά με τυφλά αψιδώματα από εναλλασσόμενους λίθους και πλίνθους, ενώ δύο τυφλά αψιδώματα σώζονται και στον δυτικό τοίχο. Στις πλάγιες επιφάνειες κατασκευάστηκαν τρία μεγάλα ορθογώνια παράθυρα κατά τον 19ο αι. από τοπικό γκρίζο ασβεστόλιθο. Οι τοίχοι είναι κτισμένοι από κοινή τοιχοποιία, αρχικά καλυμμένη από υπόλευκο κονίαμα, με εγχαράξεις σε απομίμηση ισόδομης τοιχοποιίας. Εσωτερικά τον ναό περιτρέχει απλό γείσο. Από τον τοιχογραφικό διάκοσμό του σώζονται λίγα λείψανα και ο στηθαίος Παντοκράτορας του τρούλλου, ανάμεσα σε δύο μετάλλια με αγγέλους, παράσταση που μπορεί να χρονολογηθεί στις αρχές του 14ου αι. Αν και τα αρχιτεκτονικά του στοιχεία συνδέουν τον ναό με τους αντίστοιχους μεσοβυζαντινούς ναούς της Κρήτης, η υπερβολική απλοποίηση των επιμέρους στοιχείων, όπως είναι τα σταυροθόλια, ο τρούλλος και τα αψιδώματα, οδηγούν σε μία χρονολόγηση κατά τον 13ο αι. [Μ.Α.]
