Σε επικλινές έδαφος έξω από τον οικισμό Κάτω Επισκοπή Κισάμου είναι κτισμένος ο ιδιόμορφος παλαιοχριστιανικός Ναός-βαπτιστήριο του Μιχαήλ Αρχαγγέλου. Πρόκειται για περίκεντρο, ορθογώνιο κτίσμα, που αναπτύσσεται γύρω από μεγάλο, βαθμιδωτό εξωτερικά και μαστοειδή εσωτερικά τρούλο. Ανατολικά προεξέχει η ημικυλινδρική αψίδα του Ιερού με βαθμιδωτή απόληξη και μεγάλο δίλοβο παράθυρο, που περιβάλλεται από δυο θολοσκέπαστα παστοφόρια.
Δυτικά του Ναού υπάρχει θολοσκέπαστος νάρθηκας, ακολουθεί αίθριο και σε υψηλότερο επίπεδο κλείνει το συγκρότημα με μια σειρά από ορθογώνιους χώρους, οι οποίοι επεκτείνονται και στη βόρεια πλευρά. Στο βόρειο παστοφόριο υπάρχει η κτιστή τράπεζα της προθέσεως μπροστά από κόγχη στον ανατολικό τοίχο. Στο ψηφιδωτό δάπεδο του νότιου παστοφορίου είναι ενσωματωμένη σταυρική κολυμβήθρα. Μια ακόμη μεγαλύτερη, σταυρική κολυμβήθρα, που υπάρχει σήμερα στο νάρθηκα φαίνεται ότι ήταν αρχικά τοποθετημένη στον κυκλικό χώρο του Ναού. Ο κυκλικός χώρος χωριζόταν από τα πλάγια διαμερίσματα με θωράκια, όπως και τα παστοφόρια από το ιερό βήμα. Η είσοδος γινόταν μόνο από δυτικά.
Ο Ναός έχει ψηφιδωτά δάπεδα με διάκοσμο από φολίδες, κληματίδες, φύλλα κισσού, ψάρια και πλαίσιο από τεμνόμενα ημικύκλια, που μπορούν να χρονολογηθούν στο β΄ μισό του 6ου αιώνα, εποχή κατά την οποία κατασκευάστηκε ολόκληρο το συγκρότημα. Μετά το 17ου αιώνα, όταν η πόλη Κίσαμος αρχίζει να παρακμάζει, η έδρα της Επισκοπής μεταφέρθηκε στην ενδοχώρα και ο Ναός χρησιμοποιήθηκε ως Καθεδρικός. Κατά την Τουρκοκρατία χρησιμοποιήθηκε και πάλι ως καθεδρικός Ναός με την ανέγερση επισκοπείου στα δυτικά προσκτίσματα, πάνω από το αίθριο. Εδώ διέμενε και ο μάρτυρας επίσκοπος Κισάμου Μελχισεδέκ, ο οποίος απαγχονίστηκε από τους Τούρκους το 1821 στην πλατεία της Σπλάντζιας Χανίων.
Σημαντικός είναι και ο τοιχογραφικός διάκοσμος, που διασώζεται αποσπασματικά σε τέσσερα, ή πέντε στρώματα. Από αυτά το αρχικό με την παράσταση της Ανάληψης και στηθαρίων στον τρούλο, του Ευαγγελιστή Ματθαίου στο νάρθηκα, του Αγίου Γεωργίου με αφιερωτή στο νότιο παστοφόριο και αρχαγγέλου στο τεταρτοσφαίριο της κόγχης του ιερού από παράσταση της Παναγίας, χρονολογείται κατά τον 7ο αιώνα και είναι έργα άνισης ποιότητας. Το δεύτερο στρώμα, που καταλαμβάνει το βόρειο παστοφόριο και τη συνεχόμενη στοά, περιλαμβάνει διάλιθους σταυρούς με κεραίες που απολήγουν σε «μήλα», πάνω σε βάθρα, μέσα από τόξα, τα οποία μιμούνται πολύχρωμη ορθομαρμάρωση. Η χρονολόγηση του διακόσμου στη διάρκεια της Εικονομαχίας, ενισχύεται από τον τύπο των γραμμάτων των πολλών επιγραφών, που αναφέρονται στο Σταυρό, ή αναφέρονται σε πιστούς. Την άποψη αυτή επιβεβαιώνεται και από το γεγονός ότι στη συνέχεια ο διάκοσμος καλύφθηκε από λεπτό στρώμα λευκού κονιάματος, που με τη σειρά του καλύφθηκε αργότερα από την τοιχογράφηση του 12ου αιώνα.
Το επόμενο στρώμα ζωγραφικής συνδέεται με τη λειτουργία του ναού ως επισκοπικού και αποτελεί ένα εξαίρετο σύνολο της κομνήνειας τέχνης στα τέλη του 12ου αιώνα. Το εικονογραφικό πρόγραμμα περιλαμβάνει ραδινές μορφές αγίων χαμηλά, την Ανάληψη στην καμάρα του ιερού, σκηνές από τα Πάθη στο μεγάλο τρούλο και άλλες σκηνές από τον ευαγγελικό και το θεομητορικό κύκλο στα πλάγια διαμερίσματα. Τα επόμενα δύο στρώματα από τα τέλη του 13ου αιώνα και τις αρχές του 14ου επιχειρούν να αντικαταστήσουν τις μνημειακού χαρακτήρα παραστάσεις του 12ου αιώνα σε σημεία, που είχαν καταστραφεί. Οι παραστάσεις του 14ου αιώνα συνδέονται με το γνωστό ζωγράφο Μιχαήλ Βενέρη. Πρόκειται για ένα ιδιαίτερα σημαντικό μνημείο εξαιτίας της πρώιμης χρονολόγησής του, του ιδιόμορφου αρχιτεκτονικού τύπου, των διαδοχικών στρωμάτων ζωγραφικής υψηλής ποιότητας, που επιβεβαιώνουν τη σημασία του σε διάφορες περιόδους. Το εσπέρας της πρώτης Κυριακής του δεκαπενταύγουστου έχει καθιερωθεί να τελείται στην Ροτόντα η ευλογία των καρπών της γης.